Yksi näistä keinoista on elintarvikkeessa olevan aktiivisen veden eli mikrobeille käyttökelpoisen veden määrän vähentäminen. Elintarvikkeessa olevat suola ja sokeri vähentävät aktiivisen veden määrää ja siksi esimerkiksi sokerilla hilloaminen ja sienien suolaaminen ovat hyviä säilömiskeinoja. Myös elintarvikkeen kuivaaminen perustuu samaan asiaan.
Muita keinoja estää mikrobikasvua ovat elintarvikkeen pH:n muuttaminen tai säilyttäminen kylmässä. Mikrobeilla on optimikasvulämpötilansa ja optimi pH-alueensa. Mikrobikasvu hidastuu merkittävästi pH:ta tai säilytyslämpötilaa laskettaessa. pH:n laskemista käytetään hyväksi esimerkiksi etikkasäilykkeissä ja hapatetuissa elintarvikkeissa. Kylmäsäilytys tai pakastaminen eivät kuitenkaan tuhoa mikrobeja, joten jääkaapissakin olevat elintarvikkeet pilaantuvat ja pakastetut elintarvikkeet ovat herkkiä pilaantumaan sulatuksen jälkeen.
Kuumakäsittelyillä ei vain hidasteta mikrobin kasvua vaan pyritään tuhoamaan niitä. Pastöroinnilla tuhotaan tautia aiheuttavia mikrobeja ja vähennetään muutenkin mikrobien määrää tuotteessa. Tämä pidentää mm. maitotuotteiden säilymisaikaa. Täyssäilykkeiden valmistusprosessissa steriloidaan säilykepurkin sisältö niin, että mikään mikrobi ei jää eloon. Kotona valmistuissa täyssäilykkeissä onkin suuri riski, jos prosessi ei ole tarpeeksi tehokas. Huonosti valmistetut kotisäilykkeet voivat johtaa vakaviin ruokamyrkytyksiin. Elintarvikkeiden säilöntäaineilla ja suojakaasuilla pyritään tekemään ympäristö mikrobeille myrkylliseksi. Säilöntäaineet vaikuttavat mikrobikasvua estävästi ja happea kasvussaan vaativat mikrobit eivät selviä suojakaasuolosuhteissa. Myös säteilytys on tehokas keino mikrobien tuhoamiseen, mutta Suomessa elintarvikkeiden säteilytys on lailla kiellettyä.